事業主が「健全な事業継続に支障をきたす」と判断した場合、社員に対して出勤停止を命じることができます。

ですが、出勤停止には「法的に認められている出勤停止」と、「就業規則などで定めた会社のルール」での出勤停止という２種類が存在しています。

「法的に認められている出勤停止」の措置の場合、賃金の支払いは発生しませんが、「会社のルール」で出勤停止を命じた場合は、会社都合での出勤停止となり、賃金を支払わなければなりません。

感染症による出勤停止を制度化するのであれば、就業規則への規定の要否に関わらず、出勤停止措置に係る事項を規定し（休業手当で支払う場合はその率も）、包括的に同意を得ておくことが、様々な事後リスクへのヘッジになります。